皮肤囊肿或卵巢囊肿等常见囊肿通常无须药物治疗，若合并感染或症状明显可遵医嘱使用头孢克洛胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片、甲硝唑片等抗生素，或桂枝茯苓胶囊等中成药。
1、抗生素细菌感染引起的囊肿红肿热痛可使用头孢克洛胶囊控制炎症，该药通过抑制细菌细胞壁合成发挥作用，可能引起皮疹或胃肠不适。
2、青霉素类阿莫西林克拉维酸钾片适用于混合感染性囊肿，克拉维酸可增强抗菌谱，用药期间须监测肝功能，常见不良反应为腹泻。
3、抗厌氧菌药甲硝唑片针对合并厌氧菌感染的囊肿，能穿透脓肿壁杀灭病原体，服药期间禁止饮酒，可能出现金属味觉等副作用。
4、中成药桂枝茯苓胶囊用于气滞血瘀型囊肿，含桂枝等成分可活血化瘀，孕妇禁用，可能引起轻微胃脘不适。
囊肿患者日常应避免挤压病灶，保持局部清洁，若囊肿增大或破溃需及时外科处理，药物治疗需严格遵循医嘱。
