大脑炎后遗症的治疗效果与损伤程度相关，轻度后遗症可通过康复训练改善，严重神经损伤可能遗留永久性功能障碍。主要干预方式包括神经修复治疗、功能康复训练、药物辅助治疗及心理干预。
神经营养药物如鼠神经生长因子、脑蛋白水解物、甲钴胺可促进受损神经修复，需配合高压氧治疗改善脑组织缺氧状态。
针对运动障碍采用物理治疗，语言障碍进行言语训练，认知障碍实施认知行为疗法，需长期坚持才能显现效果。
肌张力增高可使用巴氯芬，癫痫发作需服用丙戊酸钠，情绪障碍建议选择舍曲林，均需严格遵循医嘱调整剂量。
认知功能障碍患者需进行专业心理评估，抑郁焦虑症状可通过心理咨询配合帕罗西汀等药物综合干预。
建议早期介入系统康复治疗，保持规律作息并摄入富含卵磷脂的食物，定期复查评估神经功能恢复情况。
