肠镜检查多数情况下不会很痛苦，检查过程中可能出现轻微腹胀或牵拉感，不适程度与个体耐受性、肠道准备情况、操作技术及病变性质有关。
对疼痛敏感者可能感觉更明显，检查前可告知医生自身耐受情况，医生会调整进镜速度或使用解痉药物缓解不适。
未严格遵医嘱清肠会导致视野不清，延长操作时间。检查前3天需低渣饮食，服用复方聚乙二醇电解质散等清肠剂。
经验丰富的内镜医师能减少肠管牵拉，必要时采用二氧化碳注气代替空气，可降低术后腹胀概率。
存在肠粘连或严重炎症时会增加痛感，此时医生可能建议选择无痛肠镜，通过静脉麻醉完全避免不适。
检查后2小时内禁食，可饮用温水，避免剧烈运动，若出现持续腹痛或便血需立即就医。
