羊水穿刺风险相对较低的产前诊断技术，主要风险包括感染、出血、羊水渗漏和诱发宫缩，总体严重并发症发生率较低。
穿刺可能将细菌带入羊膜腔引发绒毛膜羊膜炎，表现为发热、腹痛，需立即使用头孢类抗生素如头孢呋辛、头孢曲松进行抗感染治疗。
针头可能损伤胎盘或子宫血管导致出血，通常表现为阴道流血，可通过局部压迫止血，严重时需输注凝血因子如人纤维蛋白原。
约1-2％孕妇会出现羊膜破裂导致羊水渗漏，多数可自愈，持续渗漏需卧床休息并使用宫缩抑制剂如盐酸利托君。
穿刺刺激可能引起子宫收缩，轻微宫缩可自行缓解，频繁宫缩需使用硫酸镁等宫缩抑制剂预防早产。
建议穿刺后24小时内避免剧烈活动，出现持续腹痛、发热或阴道流液需立即返院检查，该检查需在具备抢救条件的产前诊断中心由经验丰富的医师操作。
