肠道真菌感染通常需进行粪便真菌培养、血清真菌抗原检测、内镜检查及组织病理学检查，严重时可能需影像学评估。
通过采集粪便样本检测真菌种类，适用于白色念珠菌等常见致病菌筛查，需结合临床症状判断。
检测血液中真菌特异性抗原如β-D-葡聚糖，对侵袭性感染诊断价值较高，但可能出现假阳性。
肠镜下可见黏膜糜烂或白色伪膜，可直接取活检进行病理学检查，是确诊深部感染的金标准。
活检组织中发现菌丝或孢子可确诊，需特殊染色如PAS或银染，能区分定植与侵袭性感染。
免疫功能低下者出现持续腹泻时应尽早就医，检查前避免擅自使用抗真菌药物以免影响结果准确性。
