巨细胞病毒感染多数可治愈，免疫功能正常者通常无需特殊治疗即可自愈，免疫缺陷患者需抗病毒药物干预。治疗方式主要有对症支持治疗、抗病毒药物治疗、免疫调节治疗、预防性治疗。
针对发热、肝脾肿大等症状采取退热、保肝等措施，合并细菌感染时需联用抗生素。
更昔洛韦、缬更昔洛韦等核苷类似物是主要治疗药物，需监测骨髓抑制等不良反应。
对艾滋病患者需联合抗逆转录病毒治疗，移植患者需调整免疫抑制剂用量。
高危人群可预防性使用抗病毒药物，器官移植后需定期监测病毒载量。
日常需加强营养支持，适量补充优质蛋白和维生素，免疫功能低下者应避免接触感染者分泌物。
