柚子茶可通过密封冷藏、避光保存、分装冷冻、定期检查等方式保存。
1、密封冷藏
开封后的柚子茶需用保鲜膜覆盖瓶口后拧紧瓶盖，置于冰箱冷藏层，温度控制在4℃左右，可延缓糖分析出和微生物滋生。
2、避光保存
未开封的柚子茶应存放在阴凉避光处，避免阳光直射导致维生素C氧化和风味物质分解。
3、分装冷冻
大容量柚子茶可分装至小容器冷冻保存，食用前取出解冻，冷冻状态下可保存较长时间但可能影响口感。
4、定期检查
每次取用时观察是否有霉斑、异味或异常发酵气泡，出现上述情况应立即停止食用。
自制柚子茶建议两周内饮用完毕，市售产品需参照保质期，保存期间避免用沾水餐具取用。
