梅毒潜伏期治疗效果通常较好，早期规范治疗可有效阻断疾病进展。梅毒潜伏期分为早期潜伏期和晚期潜伏期，青霉素类药物是首选治疗方案。
早期潜伏期梅毒指感染后1年内未出现临床症状的阶段，此时梅毒螺旋体尚未广泛扩散，组织损伤较轻。规范使用苄星青霉素注射液进行肌肉注射，可达到95％以上的治愈率。治疗期间需避免性接触，定期复查血清学指标。部分患者可能出现吉海反应，表现为发热、头痛等暂时性症状，通常24小时内自行缓解。
晚期潜伏期梅毒感染超过1年但无临床表现，此时病原体可能已侵入深层组织。虽然仍推荐使用苄星青霉素注射液，但需要延长疗程并增加给药次数。对于青霉素过敏者，可选用注射用头孢曲松钠或多西环素片替代治疗。晚期潜伏期治疗后的血清学转阴时间可能延长，需要持续随访2-3年。合并HIV感染等免疫功能低下患者，治疗效果可能受到影响，需加强监测。
梅毒潜伏期患者应保持规律作息，避免熬夜和过度劳累。饮食上注意补充优质蛋白和维生素，适量食用鸡蛋、瘦肉、西蓝花等食物。治疗期间及愈后3个月内须严格避免性行为，所有性伴侣均应接受同步筛查和治疗。定期复查快速血浆反应素试验和梅毒螺旋体颗粒凝集试验，直至医生确认完全康复。出现任何异常症状应及时复诊，不可自行调整用药方案。
