急性胃肠炎需要与食物中毒、细菌性痢疾、肠易激综合征、阑尾炎等疾病鉴别。
食物中毒与急性胃肠炎均可出现呕吐腹泻，但食物中毒常有明确不洁饮食史，发病更急骤，多人同时发病，需进行病原学检测鉴别。
细菌性痢疾表现为发热、腹痛、里急后重及脓血便，粪便镜检可见大量脓细胞，需通过粪便培养与急性胃肠炎鉴别。
肠易激综合征表现为反复腹痛伴排便习惯改变，但无发热等感染症状，病程超过6个月，需排除器质性疾病后诊断。
阑尾炎早期可表现为上腹痛伴呕吐，随后疼痛转移至右下腹，查体有麦氏点压痛，血常规显示中性粒细胞升高，需通过影像学检查鉴别。
出现持续腹痛、发热、血便等症状时应及时就医，完善血常规、粪便检查等明确诊断。
