自身免疫性脑炎可能遗留认知功能障碍、精神行为异常、癫痫发作、运动障碍等后遗症，严重程度与脑损伤范围及治疗时机密切相关。
患者可能出现记忆力减退、注意力不集中或执行功能下降，与海马体等脑区受损有关。可通过认知康复训练改善症状。
部分患者会持续出现焦虑、抑郁或幻觉等症状，需结合心理干预和奥氮平、舍曲林等药物控制。
脑炎导致的异常放电可能长期存在，需持续使用左乙拉西坦、丙戊酸钠等抗癫痫药物预防。
基底节受累者可出现肌张力障碍或震颤，巴氯芬、普拉克索等药物配合康复治疗可缓解症状。
建议定期复查脑电图与神经心理评估，保持低脂高蛋白饮食，避免过度疲劳诱发症状加重。
