济生肾气丸与金匮肾气丸的主要区别在于成分与功效侧重点不同，前者侧重温肾利水，后者侧重温补肾阳。
济生肾气丸在六味地黄丸基础上加入牛膝、车前子，增强利水消肿作用；金匮肾气丸以附子、桂枝为主，辅以六味地黄丸基础方，强化温阳效果。
济生肾气丸主治肾虚水肿、小便不利；金匮肾气丸针对肾阳不足引起的腰膝酸软、畏寒肢冷。
济生肾气丸适用于慢性肾炎水肿等水湿停滞证；金匮肾气丸多用于阳痿早泄等肾阳虚衰证。
济生肾气丸阴虚火旺者慎用；金匮肾气丸湿热体质者禁用，孕妇忌服。
两种药物均需中医辨证使用，服药期间忌生冷油腻，出现不良反应应及时停用并就医。
