百日咳潜伏期通常无须用药，若出现感染症状可遵医嘱使用阿奇霉素、红霉素、复方磺胺甲噁唑等抗生素，同时配合布地奈德雾化缓解气道炎症。
百日咳杆菌感染早期可使用大环内酯类抗生素，阿奇霉素能抑制细菌蛋白质合成，红霉素对呼吸道黏膜穿透性强，复方磺胺甲噁唑适用于磺胺过敏者。
布地奈德混悬液雾化可减轻气道高反应性，需配合压缩雾化器使用，能降低痉咳发作频率，但须严格遵循医生指导的雾化方案。
脾氨肽口服冻干粉有助于调节免疫功能，转移因子胶囊可增强淋巴细胞活性，适用于体质虚弱者，使用前需评估免疫功能状态。
苯巴比妥可缓解痉咳引发的惊厥，盐酸氨溴索能稀释黏痰，但止咳药需谨慎使用，避免抑制排痰反射加重气道阻塞。
潜伏期患儿应单独隔离，家长需每日监测体温与咳嗽频率，保持室内湿度60％左右，饮食选择温凉流质减少咽喉刺激。
