肛瘘通常建议手术治疗，非手术方法如抗生素治疗、引流管放置、生物胶注射等可能缓解症状但易复发。
急性感染期可使用头孢克肟、甲硝唑、左氧氟沙星等控制炎症，但无法消除瘘管，复发概率较高。
通过硅胶引流管持续排出脓液减轻肿胀，需定期冲洗维护，适合暂时无法手术的高危患者。
纤维蛋白胶等可封闭简单瘘管，对复杂肛瘘效果有限，治疗后需密切观察是否出现再感染。
苦参、黄柏等煎剂坐浴可缓解局部红肿疼痛，作为辅助手段使用时需配合其他治疗。
肛瘘自愈可能性极低，长期不治疗可能引发肛周脓肿或败血症，建议尽早就医评估手术必要性，术后保持肛门清洁并避免久坐。
