灌肠对身体的影响因使用目的和频率而异，短期医疗灌肠可缓解便秘或术前清洁，长期频繁使用可能破坏肠道菌群平衡。
临床灌肠用于便秘急救或肠镜检查前准备，常用药物包括甘油灌肠剂、磷酸钠盐灌肠液，需严格遵医嘱操作避免黏膜损伤。
非必要灌肠会冲刷掉益生菌，导致腹胀腹泻，可能诱发肠道菌群失调症，表现为反复腹痛和排便异常。
过度灌肠可能引起钠钾离子流失，严重时导致低钾血症，出现肌无力或心律失常等症状。
长期依赖灌肠排便会使直肠敏感性下降，逐渐发展为功能性排便障碍，加重原有便秘问题。
日常便秘建议优先增加膳食纤维和运动量，医疗灌肠须在专业人员指导下进行，每年操作不超过3次为宜。
