房间隔缺损患者生存时间差异较大，多数轻症患者经规范治疗可接近正常寿命，未经治疗的重症患者可能出现心力衰竭等严重并发症。
小型缺损对血流动力学影响较小，部分可自然闭合，患者寿命通常不受影响；中型缺损可能随年龄增长出现活动耐力下降。
儿童期接受介入封堵或外科修补的患者，心脏功能多能完全恢复；成年后治疗者需评估肺动脉压力，中重度肺动脉高压会影响预后。
未治疗者可能继发肺动脉高压、房颤等并发症，重度肺动脉高压患者平均生存期显著缩短，晚期可出现艾森曼格综合征。
合并肺静脉异位引流等复杂先心病时预后较差，需早期手术干预，单纯性房间隔缺损合并其他畸形者5年生存率明显降低。
建议患者进行心脏超声随访，避免剧烈运动，出现心悸气促等症状时及时就诊，孕期患者需加强心功能监测。
