褪黑素可能引起头晕、嗜睡、胃肠道不适、情绪波动等副作用，长期使用可能影响内分泌系统。
褪黑素可能抑制中枢神经系统，导致短暂性头晕，通常无需特殊处理，建议睡前服用以减少活动时的不适感。
过量服用褪黑素可能造成次日持续困倦，调整剂量或改用缓释剂型可缓解，避免驾驶或操作精密仪器。
部分人群服用后出现恶心、腹痛，与空腹服用有关，建议随餐或餐后服用，必要时可改用肠溶片剂。
长期超量使用可能干扰自身褪黑素分泌，表现为月经失调或甲状腺功能异常，需定期监测激素水平。
使用褪黑素前建议咨询医生，避免与抗凝药、免疫抑制剂联用，短期失眠优先尝试认知行为疗法等非药物干预。
