柠檬通常有利于消化，其含有的柠檬酸和维生素C可刺激胃酸分泌，促进胃肠蠕动。
柠檬中的有机酸能增强胃蛋白酶活性，帮助分解蛋白质类食物。饭后少量饮用稀释的柠檬水可缓解饱胀感，对功能性消化不良有一定改善作用。柠檬皮中的挥发性成分还能舒缓胃肠痉挛，传统医学常用其缓解食欲不振。对于胃酸分泌不足的人群，适量摄入柠檬可弥补胃酸缺乏导致的消化效率下降。
胃溃疡或反流性食管炎患者需谨慎食用柠檬，酸性成分可能刺激黏膜加重灼痛感。空腹大量饮用柠檬水可能引发胃部不适，糖尿病患者应注意柠檬汁含糖量。部分人群对柑橘类水果存在过敏反应，可能出现口腔发麻或皮肤瘙痒等消化系统外症状。
日常可将新鲜柠檬切片泡水，水温不宜超过60℃以免破坏维生素C。避免与碳酸氢钠类药物同服，酸性环境会影响药效。胃肠敏感者建议餐后饮用且每日不超过半个柠檬的汁液量，出现反酸症状时应立即停止食用。
