柠檬饮料不建议长期大量饮用。适量饮用柠檬饮料通常不会对健康造成明显影响，但过量可能引发胃肠刺激、牙齿腐蚀等问题。
柠檬饮料含有较多柠檬酸和糖分，短期饮用可帮助补充维生素C和水分，适合运动后或高温环境下快速补水。市售柠檬饮料糖分含量差异较大，部分产品可能添加大量精制糖，长期高糖摄入会增加肥胖、龋齿风险。柠檬酸虽能促进铁吸收，但过量会刺激胃黏膜，空腹饮用易引发反酸、胃痛。牙齿长期接触酸性物质可能导致牙釉质脱矿，表现为冷热敏感或牙齿表面粗糙。
特殊人群需更严格控制摄入量。糖尿病患者饮用含糖柠檬饮料可能导致血糖波动，建议选择无糖配方。胃食管反流患者饮用后可能加重烧心症状，儿童长期饮用可能影响正餐食欲。部分柠檬饮料含防腐剂苯甲酸钠，敏感人群可能出现过敏反应。自制柠檬水若未及时饮用，微生物污染风险较高。
建议将柠檬饮料作为偶尔饮用的饮品，日常以白开水、淡茶为主。饮用后及时清水漱口减少牙齿腐蚀，胃肠敏感者避免空腹饮用。选择市售产品时注意成分表，优先选择低糖或无糖配方。出现持续胃痛、牙齿敏感等症状应及时就医检查。
