严重肠炎可能发展为肠梗阻、肠穿孔、败血症或中毒性巨结肠，需立即就医干预。
炎症导致肠壁水肿增厚或粘连，引发机械性梗阻，表现为剧烈腹痛、呕吐及排便停止，需禁食并胃肠减压，药物可选用山莨菪碱、头孢曲松钠、蒙脱石散。
肠道溃疡深度侵蚀全层肠壁时发生，突发刀割样腹痛伴腹膜刺激征，可能与克罗恩病或溃疡性结肠炎有关，需紧急手术修补，术后使用美罗培南、奥硝唑、生长抑素。
肠道细菌入血引发全身感染，出现高热寒战及休克，常见于免疫力低下者，需静脉注射亚胺培南、万古霉素、人血白蛋白，同时进行液体复苏。
结肠肌层神经丛受损导致麻痹性扩张，腹胀进行性加重伴发热，多与艰难梭菌感染相关，需禁食并静脉用甲强龙、环丙沙星、益生菌制剂。
急性期需绝对卧床并禁食，恢复期逐步过渡至低渣饮食，避免辛辣刺激食物，定期复查肠镜评估黏膜愈合情况。
