新生儿肺炎可能遗留支气管扩张、肺功能下降、反复呼吸道感染等后遗症，但多数患儿经规范治疗可完全康复。
新生儿肺炎若未及时控制感染或病情较重，可能对肺部组织造成损伤。支气管壁结构破坏可能导致支气管扩张，表现为长期咳嗽、咳痰或咯血。肺部炎症反复发作可能影响肺泡发育，导致肺活量降低或弥散功能异常，患儿活动后易气促。部分患儿免疫屏障受损后，可能更易发生感冒、支气管炎等呼吸道感染，尤其在季节交替时症状加重。早产儿或低出生体重儿因肺发育不完善，后遗症风险相对更高。
患儿出院后应定期复查胸片或肺功能，避免接触烟雾、冷空气等刺激，按计划接种肺炎疫苗和流感疫苗。
