新生儿眼底筛查通常不会产生明显副作用，可能出现短暂性结膜充血、瞳孔散大、轻微刺激感、一过性眼睑水肿等反应，多数在数小时内自行缓解。
1、结膜充血筛查时接触性操作可能导致球结膜血管扩张，表现为眼白部位发红，无须特殊处理，避免揉眼即可自然消退。
2、瞳孔散大使用散瞳药物后可能出现4-6小时瞳孔扩大现象，期间需避免强光直射，家长注意观察有无畏光表现。
3、刺激感检查器械接触角膜可能引发短暂异物感或流泪，检查后闭合眼睑休息片刻可缓解，持续不适需就医排除角膜划伤。
4、眼睑水肿部分新生儿因眼睑皮肤薄弱，检查按压后可能出现轻度肿胀，24小时内冷敷可帮助消退，合并皮肤发红需警惕感染。
建议筛查后2小时内避免沐浴，观察有无异常哭闹或分泌物增多，纯母乳喂养有助于缓解检查应激反应。
