艾草与益母草在植物学分类、药用功效及适用人群上存在明显差异，主要有科属不同、功效侧重不同、适用症状不同、禁忌人群不同。
1、科属不同艾草为菊科蒿属多年生草本植物，益母草为唇形科益母草属一年生或二年生草本植物。
2、功效侧重艾草以温经止血、散寒止痛为主，多用于寒性出血及妇科虚寒证；益母草专攻活血调经，为妇科经产要药。
3、适用症状艾草适用于痛经、宫冷不孕、湿疹瘙痒；益母草主治月经不调、产后瘀痛、水肿尿少。
4、禁忌人群艾草阴虚血热者慎用；益母草孕妇禁用，血虚无瘀者不宜。
两种药材均需在中医师指导下使用，避免自行配伍。日常保健可选用艾草泡脚或益母草代茶饮，但连续使用不宜超过一周。
