肛瘘反复发作的原因主要为以下几点:1.在手术的过程中,肛瘘内口没有找到或者内口所处的位置没有得到及时有效的处理,这样就容易造成肛瘘的复发。肛瘘多数是由于肛腺感染或者肛窦炎感染所导致的。在肛瘘手术的时候很难将全部的内口找到,并且全部消除掉,致使部分的内口仍然存在,而肠腔内容物还是会通过内口进入到瘘管内,造成肛瘘复发感染。2.因为患者需要排尿、排便,致使肛门部位不能静养,脓腔也很难愈合,导致肛门括约肌长时间处于痉挛的状态,容易造成肛瘘复发。3.脓腔引流不畅,或者肛外口出现缩小的情况,致使脓液不能完全排出,积存于腔内,这样就容易造成脓肿再次出现并且穿破,致使新的漏道形成,诱发肛瘘。