黄连上清丸可以辅助缓解热结便秘，但不适用于所有类型的便秘。便秘可能由胃肠积热、气滞、阴虚、阳虚、气虚等因素引起，黄连上清丸主要针对胃肠实热证型。
1、胃肠积热黄连上清丸中的黄连、黄芩等成分具有清热泻火作用，对因饮食辛辣、长期熬夜等导致的胃肠积热型便秘有效。此类便秘常伴随口干口臭、小便黄赤等症状。类似药物还包括牛黄解毒片、三黄片等，但须在医生辨证后使用。
2、气滞便秘对于情绪不畅、久坐少动引起的气机郁滞型便秘，表现为排便不畅、腹胀嗳气等症状，黄连上清丸效果有限。此类情况更适合使用木香顺气丸、四磨汤口服液等理气通便药物，配合腹部按摩改善症状。
3、阴虚肠燥老年体弱或久病伤阴导致的肠道津液不足型便秘，常见大便干结如羊粪、手足心热等症状。黄连上清丸苦寒伤阴可能加重病情，更适合选用增液口服液、麻仁润肠丸等滋阴润肠药物。
4、阳虚寒凝脾肾阳虚引起的便秘多伴有腹中冷痛、四肢不温等症状，此时使用寒凉的黄连上清丸会适得其反。建议选用附子理中丸、苁蓉通便口服液等温阳通便药物，配合艾灸关元穴等方法调理。
5、气虚失运产后或久病体虚导致的气虚推动无力型便秘，表现为虽有便意但排便困难、乏力汗出等症状。此时应选用补中益气丸、芪蓉润肠口服液等补气润肠药物，避免使用苦寒伤正的黄连上清丸。
改善便秘需根据具体证型选择治疗方案，长期便秘者建议就医明确病因。日常可增加膳食纤维摄入如燕麦、西蓝花等，保持每日饮水量超过1500毫升，养成定时排便习惯。避免自行长期服用泻药，特别是含有大黄、番泻叶等刺激性成分的药物可能引起结肠黑变病。适当进行腹部顺时针按摩及快走等运动也有助于促进肠道蠕动。
