红薯皮上的黑褐色斑点通常是黑斑病或储藏过程中自然氧化的结果。黑斑病由真菌感染引起，氧化则是红薯中酚类物质接触空气后的正常反应。
红薯黑斑病由甘薯长喙壳菌感染导致，常见于表皮受损或储存环境潮湿的红薯。受感染部位初期出现圆形黑褐色小点，逐渐扩大成凹陷斑块，可能伴随霉味。这类红薯需切除病变部位并彻底加热后食用，严重霉变时应丢弃。储藏氧化形成的斑点呈均匀浅褐色，多因低温环境或长时间存放导致，表皮细胞中的多酚氧化酶与氧气反应生成醌类物质。此类斑点不影响内部肉质，去皮后可正常食用。两种斑点可通过气味和形态区分：霉斑有刺鼻味且边缘不规则，氧化斑无味且分布均匀。
日常储存红薯应选择阴凉通风处，避免冷藏。表皮完整的红薯在10-15摄氏度环境下可存放较长时间。食用前检查表皮是否发黏或长霉丝，轻微氧化斑用钢丝球轻擦即可去除。若发现内部肉质变黑、发苦，应立即停止食用。红薯不宜与马铃薯混放，避免交叉感染。糖尿病患者需控制食用量，胃肠功能较弱者建议去皮后蒸煮至软烂。
