肛门闭锁可能引发直肠尿道瘘、直肠阴道瘘、会阴部感染、泌尿系统感染等并发症，需根据具体类型及严重程度采取针对性治疗。
1、直肠尿道瘘直肠与尿道异常连通导致尿液混入粪便，可能由胚胎期发育异常引起，表现为排尿时粪液溢出。需手术重建肛门并修补瘘管，术后可遵医嘱使用头孢曲松、甲硝唑、阿莫西林等预防感染。
2、直肠阴道瘘女性患儿直肠与阴道间形成瘘管，粪便可能经阴道排出，常伴随会阴红肿。需通过瘘管切除术治疗，术前可使用乳果糖、聚乙二醇电解质散、双歧杆菌调节肠道功能。
3、会阴部感染肛门缺如导致粪便积聚引发局部皮肤溃烂感染，表现为红肿渗液。需及时清洁消毒并手术造瘘，感染期可外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏。
4、泌尿系统感染瘘管形成易致细菌逆行感染膀胱或肾脏，可能出现发热、尿浑浊。需通过尿液培养选用敏感抗生素如左氧氟沙星、呋喃妥因、磷霉素氨丁三醇，同时尽早手术根治畸形。
术后需保持造瘘口清洁干燥，定期扩张肛门防止狭窄，母乳喂养患儿建议母亲补充维生素K以促进凝血功能。
