西红柿煮热后部分营养会流失，但部分营养反而更易吸收。西红柿中的维生素C等热敏性成分会因加热破坏，而番茄红素等脂溶性成分在加热后生物利用率显著提高。
西红柿中的维生素C、B族维生素等水溶性营养素对高温敏感，长时间煮沸可能导致大量流失。实验数据显示，煮沸10分钟可使维生素C含量减少一半以上。采用短时间快炒或隔水蒸煮能减少这类营养损失。同时加热过程会破坏细胞壁结构，使番茄红素从结合态释放为游离态。番茄红素是一种强抗氧化剂，其生物利用率在加热后能提高数倍。脂溶性维生素如维生素E、胡萝卜素也因细胞壁破裂而更易被人体吸收。烹饪时加入适量油脂可进一步提升脂溶性营养的吸收率。
选择不同烹饪方式对营养保留影响较大。凉拌能最大限度保存维生素C，但番茄红素吸收率较低。煮汤会使部分水溶性营养素溶解到汤中，建议连汤食用。快炒既能控制维生素C损失，又可促进番茄红素释放。避免使用铜制炊具，铜离子会加速维生素C氧化。成熟的红色西红柿比未成熟者含有更多番茄红素，烹饪后营养增益更明显。
日常食用可交替采用生吃与熟食方式，既获取维生素C又吸收番茄红素。肠胃敏感者建议煮熟食用，加热能软化膳食纤维减少刺激。保存时避免阳光直射，冷藏不要超过5天以防营养降解。搭配鸡蛋、橄榄油等富含不饱和脂肪酸的食物，能显著提升番茄红素的生物利用度。
