豆芽生吃并不能更有营养，生豆芽可能含有细菌或寄生虫，建议焯水后食用更安全。豆芽富含维生素C、B族维生素、膳食纤维等营养素，适当烹饪有助于营养吸收。
生豆芽可能携带沙门氏菌、大肠杆菌等致病微生物，直接食用可能引发胃肠不适甚至食物中毒。豆芽在生长过程中需要湿润环境，这种环境也适合微生物繁殖。生豆芽中的抗营养因子如植酸会影响矿物质吸收，经过加热可降低这些抗营养因子的活性。豆芽中的维生素C虽然对热敏感，但短时间焯水损失有限，而其他营养素如蛋白质和膳食纤维的利用率会因加热而提高。
豆芽经过80℃以上热水焯烫30秒即可有效杀灭大部分微生物，同时保留较多营养成分。焯水后的豆芽更适合凉拌或快炒，既能保证安全性又不破坏脆嫩口感。西蓝花、胡萝卜等蔬菜与豆芽搭配可提高整体营养价值，但都需适当加热处理。特殊人群如孕妇、儿童、免疫力低下者更应避免生食豆芽，防止食源性疾病风险。
日常食用豆芽建议选择新鲜、无腐烂的优质产品，存放时间不宜超过2天。烹饪前用流水充分冲洗，去除豆壳和杂质。除了焯水凉拌，豆芽也可用少量油快速煸炒，搭配鸡蛋、瘦肉等优质蛋白食物更有利于营养均衡。若出现食用豆芽后腹痛、腹泻等症状，应及时就医并告知医生饮食史，必要时进行病原学检测和治疗。
