豆类发酵后的成品通常具有改善消化吸收、增强营养价值和调节肠道菌群等益处。豆类发酵过程中，微生物作用可分解抗营养因子，提升蛋白质和矿物质的利用率，同时产生益生菌和活性物质。
1、改善消化吸收豆类中的植酸和胰蛋白酶抑制剂等抗营养因子会阻碍人体对蛋白质和矿物质的吸收。发酵过程中，微生物分泌的酶能有效降解这些成分，使豆类中的铁、锌等矿物质更易被肠道吸收。例如纳豆中的枯草芽孢杆菌可分解大豆蛋白为小分子肽，显著提升蛋白质消化率。
2、增强营养价值发酵能增加豆制品中B族维生素和维生素K2的含量。微生物代谢过程中会合成新的营养素，如传统豆豉经米曲霉发酵后，其核黄素含量可提升数倍。发酵产生的游离氨基酸和多肽也使得风味物质更丰富，如味噌中的鲜味氨基酸谷氨酸含量显著增加。
3、调节肠道菌群活性发酵豆制品含有大量益生菌及其代谢产物。韩国传统发酵豆酱中的乳酸菌能定植肠道，抑制致病菌生长。这些益生菌产生的短链脂肪酸可为肠黏膜提供能量，同时调节免疫细胞功能，对缓解肠易激综合征症状有帮助。
4、产生功能成分发酵过程会生成具有生理活性的次级代谢产物。日本纳豆激酶具有溶解纤维蛋白的作用，天贝发酵产生的异黄酮苷元比大豆原料更易被人体利用。这些成分对心血管保护和激素调节具有潜在益处。
5、延长保存期限微生物发酵产生的有机酸和抗菌肽能抑制腐败菌繁殖。我国传统毛霉型腐乳因蛋白酶分解作用使pH值降低，配合盐渍工艺可实现常温保存数月。这种生物防腐方式比化学防腐剂更安全健康。
建议将发酵豆制品作为膳食补充，每周食用3-4次，每次30-50克为宜。选择自然发酵工艺的产品，避免高温灭菌导致益生菌失活。胃肠功能较弱者应从少量开始适应，出现腹胀可搭配姜茶饮用。注意查看食品标签，确保发酵菌种明确标注且未添加过多防腐剂。
