豆浆中可能含有少量对人体不利的物质，主要包括胰蛋白酶抑制剂、植物血球凝集素、植酸等。这些物质在生豆浆中含量较高，但经过充分加热后可被破坏。
胰蛋白酶抑制剂会干扰蛋白质的消化吸收，可能导致胃肠不适。植物血球凝集素可能引起红细胞聚集，影响血液功能。植酸会与钙、铁等矿物质结合，降低这些营养素的生物利用率。大豆中还含有少量致甲状腺肿物质，可能影响甲状腺功能。部分人群对大豆蛋白过敏，饮用后可能出现皮肤瘙痒、呼吸困难等过敏反应。
未煮熟的豆浆危害较大，其中胰蛋白酶抑制剂活性较高。豆浆在80摄氏度左右会出现假沸现象，此时有害物质未被完全破坏。个别商贩为节省成本可能缩短煮沸时间。工业化生产的豆浆通常经过超高温灭菌，安全性较高。自制豆浆时若加热不充分，残留有害物质的风险增加。
建议购买正规厂家生产的豆浆产品，自制豆浆需煮沸后持续加热5-10分钟。甲状腺疾病患者应控制豆浆摄入量，过敏体质者首次饮用需谨慎。将豆浆与其他食物搭配食用，可减少抗营养因素的影响。出现不适症状时应立即停止饮用并就医。
