豆腐乳中的蛋白质含量通常低于大豆。豆腐乳在发酵过程中部分蛋白质被分解，而大豆是未经加工的完整蛋白质来源。
大豆作为植物性蛋白的优质来源，每100克干大豆约含35-40克蛋白质，其蛋白质结构完整且包含人体所需全部必需氨基酸。豆腐乳在制作过程中需经过浸泡、磨浆、煮浆、点卤、压榨成型等多道工序，再接入毛霉菌种进行发酵。发酵阶段部分蛋白质会被微生物分解为氨基酸和小分子肽类，虽然提高了消化吸收率，但总蛋白质含量因水分增加和部分分解而下降。市售豆腐乳每100克蛋白质含量多在8-12克之间，明显低于等重量干大豆。不过豆腐乳的蛋白质生物利用度较高，其氨基酸评分接近动物蛋白，且发酵产生的游离氨基酸更易被人体利用。
大豆经过深度发酵制成豆腐乳后，虽然蛋白质总量减少，但产生了大豆异黄酮苷元、多肽等活性成分。这些物质具有抗氧化、调节血脂等潜在健康效益。对于消化功能较弱的人群，豆腐乳的蛋白质吸收效率可能优于直接食用大豆。但需注意豆腐乳含盐量较高，高血压患者应控制摄入量。日常饮食中可将两者搭配食用，既能获取大豆的完整营养，又能利用发酵食品的独特营养价值。
建议将大豆与豆制品交替食用，大豆可煮粥、打豆浆或制作豆腐，豆腐乳可作为调味品少量佐餐。注意选择低盐豆腐乳产品，开封后需冷藏保存。大豆过敏者应避免食用豆腐乳，肾功能不全者需在医生指导下控制植物蛋白摄入量。
