大蒜具有一定的杀菌作用，其含有的蒜素等活性成分对部分细菌、真菌有抑制作用。大蒜的抗菌效果受浓度、作用时间等因素影响，日常食用难以达到治疗感染的效果。
大蒜中的蒜素由蒜氨酸酶分解蒜氨酸产生，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有抑制效果。体外实验显示，大蒜提取物能破坏细菌细胞膜结构，干扰其代谢过程。新鲜大蒜捣碎后静置10分钟可最大化蒜素生成，此时抗菌活性较强。将大蒜汁涂抹于轻微皮肤伤口可能降低局部细菌数量，但需注意可能引发皮肤刺激。
大蒜对幽门螺杆菌、白色念珠菌等特殊病原体也有一定抑制作用。流行病学调查发现，长期适量食用大蒜地区的人群，其消化道感染发生率相对较低。大蒜素制剂在临床中可作为辅助手段用于口腔念珠菌病、肠道菌群失调等情况，但需配合正规抗感染治疗。
日常可通过凉拌生蒜、蒜泥佐餐等方式摄入大蒜，建议每日食用2-3瓣。消化道溃疡、出血性疾病患者应控制摄入量。出现明确感染症状时须及时就医，不可依赖大蒜替代抗生素治疗。保存大蒜时应放置于阴凉通风处，避免高温导致活性成分降解。
