长期频繁使用抗生素可能导致肠道菌群紊乱、耐药性增加、肝肾负担加重及二重感染等危害，常见于滥用抗生素治疗普通感冒或未遵医嘱自行用药的情况。
抗生素会无差别杀灭有益菌群，导致腹泻、腹胀等消化不良症状，可配合益生菌调节，常用药物有双歧杆菌三联活菌散、地衣芽孢杆菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒。
细菌可能通过基因突变产生耐药性，使抗生素疗效下降，严重时导致超级细菌感染，需严格遵循医嘱完成疗程，避免随意更换药物。
部分抗生素经肝肾代谢，长期使用可能引发转氨酶升高或肌酐异常，如头孢类、磺胺类药物，用药期间需定期监测肝肾功能。
广谱抗生素易破坏正常菌群屏障，诱发白色念珠菌等机会性感染，表现为口腔白斑或阴道瘙痒，需及时联用抗真菌药物如制霉菌素片。
出现发热等感染症状时应先进行病原学检查，避免盲目使用抗生素，日常可通过补充酸奶、纳豆等发酵食品维持菌群平衡。
