心肌炎多数情况下可以完全治愈，但少数重症或延误治疗者可能遗留心脏功能异常。心肌炎的治疗效果主要取决于病毒类型、病情严重程度、治疗时机及患者基础健康状况。
轻症病毒性心肌炎患者通过充分休息和规范治疗通常可完全康复。急性期需严格卧床休息，减轻心脏负荷，配合抗病毒药物如阿昔洛韦、更昔洛韦等控制感染。营养支持重点补充优质蛋白和维生素，辅以辅酶Q10等心肌营养药物。多数患者在3-6个月内心功能可恢复正常，心肌酶谱和心电图异常逐渐消失。
暴发性心肌炎或合并严重心律失常的患者预后相对较差。此类患者可能出现心源性休克、多器官衰竭等危重情况，需ECMO等生命支持治疗。即使度过急性期，部分患者会发展为扩张型心肌病，需长期服用美托洛尔、螺内酯等药物控制心衰。少数病例最终需要心脏移植，这类患者的心肌损伤通常不可逆。
心肌炎康复期应避免剧烈运动6个月以上，定期复查心电图和心脏超声。保持低盐饮食，每日钠摄入量控制在2000毫克以内。戒烟限酒，保证充足睡眠，预防呼吸道感染。若出现活动后气促、下肢水肿等症状需及时复诊。疫苗接种可降低病毒性心肌炎复发概率，建议在医生指导下接种流感疫苗和新冠疫苗。
小儿病毒性心肌炎可通过中药汤剂、针灸疗法、推拿按摩等中医治疗方式干预。
中医认为该病多因外感邪毒内侵心脉所致，治疗以益气养阴、活血通络为主。常用方剂包括生脉饮、炙甘草汤、参附注射液等，生脉饮由人参、麦冬、五味子组成，可改善心肌供血；炙甘草汤含炙甘草、生姜、大枣，能调节心律；参附注射液具有抗病毒和心肌保护作用。针灸常选取内关、膻中、心俞等穴位，通过刺激经络调节心脏功能。小儿推拿可采用清心经、揉内关等手法，配合捏脊疗法增强体质。部分患儿需结合耳穴压豆治疗，选取心、交感等耳部反射区。
治疗期间需避免剧烈运动，保持充足睡眠，饮食宜清淡并适量食用莲子、百合等养心食材。
