存在严重心肺功能不全、凝血功能障碍、急性肠穿孔、近期心肌梗死或脑卒中、妊娠期等情况时，通常不建议进行肠镜检查。肠镜是一种侵入性检查，需评估患者耐受性及风险收益比。
严重心肺功能不全患者可能无法耐受肠镜操作过程中的体位改变或镇静药物影响，检查中缺氧或血压波动的风险较高。凝血功能障碍或服用抗凝药物者存在肠黏膜损伤后出血难以控制的可能性，需提前调整用药方案。急性肠穿孔患者进行肠镜可能加重腹腔感染，需优先处理急腹症。近期发生心肌梗死或脑卒中的患者处于心血管事件高发期，应激性操作易诱发再发。妊娠期女性除非病情紧急，一般推迟检查以避免刺激子宫。
对于高风险人群，可考虑改用粪便潜血试验、CT结肠成像等无创检查初步筛查。必须行肠镜时，需在监护条件下由经验丰富的医师操作，并备好急救措施。检查前应充分告知风险，签署知情同意书。
存在上述禁忌证但确需肠镜检查者，建议在专科医师评估后选择合适时机，必要时住院监测下完成。日常应注意观察排便习惯变化，出现便血、持续腹痛、体重下降等症状时及时就医，由医生判断是否必须进行肠镜。
