肛瘘通常建议手术治疗，保守治疗仅适用于部分早期或低风险患者，处理方式主要有药物控制、引流护理、中医调理、手术根治。
1、药物控制早期无症状肛瘘可短期使用抗生素如甲硝唑、头孢克肟控制感染，配合高锰酸钾坐浴缓解炎症，但无法根治瘘管。
2、引流护理对单纯性皮下瘘管可采用挂线引流，通过橡皮筋持续压迫促进瘘管闭合，需定期换药并保持会阴清洁。
3、中医调理湿热体质患者可服用黄连解毒汤等方剂改善体质，辅以外用金黄散消肿止痛，适合暂时无法手术者。
4、手术根治高位复杂性肛瘘需行瘘管切开术或括约肌保留术，彻底清除瘘管及感染灶，术后复发率低于5％。
日常应避免久坐及辛辣饮食，术后需坚持肛门功能锻炼，反复发作或出现流脓发热应及时复查。
