分离性垂直偏斜的治疗效果因人而异，多数患者可通过棱镜矫正、肉毒杆菌注射、手术矫正、视觉训练等方式改善症状。治疗效果主要与偏斜程度、病因类型、年龄因素、合并症情况有关。
1、棱镜矫正光学棱镜可暂时矫正轻度偏斜，适用于间歇性症状患者，需定期调整镜片度数以匹配偏斜角度变化。
2、肉毒杆菌注射A型肉毒毒素可暂时麻痹眼外肌，改善中重度偏斜，需每3-6个月重复注射，可能出现短暂复视或眼睑下垂。
3、手术矫正对于先天性或顽固性病例，可考虑上直肌后退术或下斜肌切断术，术后需配合视觉康复训练，存在过矫或欠矫风险。
4、视觉训练通过融合功能训练和立体视重建，帮助大脑适应双眼协同，适合术后患者或轻度功能性偏斜者。
建议定期复查视力及眼位变化，避免过度用眼疲劳，儿童患者需在发病早期干预以获得最佳预后。
