碎石对肾脏的危害程度与碎石方式及患者个体情况有关，体外冲击波碎石通常安全性较高，而未经规范治疗的原发性结石可能造成肾损伤。
体外冲击波碎石是目前临床常用的非侵入性治疗方式，通过聚焦冲击波将结石粉碎后随尿液排出。该技术对肾脏实质的损伤通常轻微且可逆，术后可能出现短暂血尿或腰部隐痛，多数患者在1-2周内恢复。治疗前需完善超声检查明确结石位置，术中精准定位可最大限度保护肾组织，术后配合多饮水、适度运动促进排石。
当肾结石长期滞留或反复发作时，可能引发肾积水、泌尿系感染等继发损害。结石梗阻导致肾盂内压力增高，持续超过6周可能造成不可逆的肾单位损伤。感染性结石合并尿路感染时，细菌内毒素会加速肾间质纤维化进程。此类患者需通过CT尿路造影评估肾功能，必要时采用输尿管镜碎石或经皮肾镜取石术解除梗阻。
建议结石患者每日饮水2000毫升以上，限制高草酸食物摄入，定期复查泌尿系超声监测结石动态。突发剧烈腰痛伴血尿时应及时就医排查肾绞痛。
