碱处理会改变蛋白质的结构和功能，主要影响包括蛋白质变性、肽键水解、氨基酸残基修饰以及营养价值的降低。
1、蛋白质变性强碱环境破坏蛋白质的氢键和离子键，导致二级、三级结构展开，失去原有生物活性。常见于食品加工中的松花蛋制作过程。
2、肽键水解高浓度碱液可催化肽键断裂，使蛋白质分解为多肽或游离氨基酸。该反应在pH超过11时显著加速，可能降低蛋白质消化率。
3、氨基酸修饰赖氨酸、精氨酸等碱性氨基酸易发生脱氨反应，半胱氨酸可形成脱氢丙氨酸。这些修饰可能产生潜在有害物质如赖丙氨酸交联体。
4、营养损失碱处理导致必需氨基酸破坏，特别是色氨酸易被强碱分解，同时降低蛋白质的生物价和蛋白质功效比值等营养指标。
日常饮食中应避免长期过量摄入碱处理食品，特殊加工食品需控制碱液浓度和处理时间以保留蛋白质营养价值。
