胃肠间质瘤的严重程度与肿瘤大小、位置及恶性程度相关，多数为低度恶性，但部分可能转移或复发。
1、肿瘤大小
直径小于2厘米的肿瘤通常恶性程度较低，可通过内镜或手术完整切除，预后较好。
2、发生部位
胃部间质瘤恶性概率低于小肠间质瘤，食管和直肠肿瘤更易侵犯周围组织。
3、核分裂象
每50个高倍视野下核分裂数超过5个提示恶性倾向，需密切随访。
4、基因突变
c-KIT或PDGFRA基因突变类型影响靶向药物敏感性，野生型肿瘤治疗选择有限。
确诊后应定期进行CT或超声内镜复查，避免剧烈运动导致肿瘤破裂出血，饮食以易消化食物为主。
