木瓜蛋白酶具有促进消化、抗炎消肿、伤口愈合和分解坏死组织等功效，主要用于辅助治疗消化不良、炎症反应、创伤修复及医疗清创等场景。
1、促进消化木瓜蛋白酶可分解蛋白质为小分子肽和氨基酸，改善胃肠消化功能。临床用于治疗慢性胃炎伴消化不良，常与胰酶肠溶片、多酶片等联用。
2、抗炎消肿通过抑制炎症介质释放减轻组织水肿，适用于关节滑膜炎、软组织挫伤等病症。常配合双氯芬酸钠缓释片、塞来昔布胶囊等抗炎药物使用。
3、伤口愈合清除创面坏死物质并刺激肉芽组织生长，用于烧伤创面、慢性溃疡等治疗。需在医生指导下与重组人表皮生长因子凝胶等药物配合使用。
4、医疗清创选择性分解坏死组织而不损伤健康组织，常用于糖尿病足清创、压疮处理等。需由专业医护人员操作，联合使用银离子敷料等创面处理产品。
使用含木瓜蛋白酶成分的药物需严格遵医嘱，避免与抗凝血药物同用，过敏体质者用药前应进行皮试。日常可通过适量食用木瓜补充天然酶类物质。
