电动吸耳器在正确使用的情况下通常不会伤害耳朵，但操作不当可能造成耳道损伤或感染。耳垢具有保护外耳道皮肤和黏附异物的作用，多数情况下无须刻意清理。
电动吸耳器通过负压原理清除耳垢，若使用者未阅读说明书或用力过猛，可能导致外耳道皮肤破损、鼓膜穿孔等机械性损伤。部分产品吸力过强或设计不合理，可能将耳垢推向耳道深处形成栓塞，引发耳鸣、听力下降等问题。儿童及外耳道狭窄者更需谨慎，不当操作易诱发外耳道炎。
糖尿病患者、凝血功能障碍者等特殊人群，耳道皮肤修复能力较差，使用电动吸耳器后感染风险显著增加。若耳垢已形成坚硬栓塞，强行吸引可能导致剧烈疼痛甚至眩晕。部分人群对硅胶吸头材料过敏，可能出现接触性皮炎。存在中耳炎急性发作、鼓膜穿孔病史者应完全避免使用此类器械。
日常清洁耳部建议用湿润毛巾擦拭外耳廓即可，耳垢较多时可就医由专业医生处理。避免使用棉签、发卡等物品掏耳，防止将耳垢推入更深部位。游泳或洗澡后可用吹风机低温档距耳朵20厘米吹干耳道，减少潮湿环境导致的感染风险。若出现耳痛、耳闷、听力骤降等症状，应立即停止使用电动吸耳器并就诊耳鼻喉科。
