小三阳还是一种无法根治的疾病，患者只能通过合理的治疗，缓解不适的症状，同时可以适当的控制病情。部分“小三阳”患者的血循环中仍有较多乙肝病毒颗粒存在，病毒仍在活跃复制，其肝损伤还相当严重。这是由于这部分患者体内的乙肝病毒发生了基因突变，使HBeAg表达缺失，化验HBeAg为阴性。患者在接受治疗后，平时要注意个人的生活习惯，特别是饮食上，需要多吃一些保肝护肝的食物。在慢性乙肝中“小三阳”不能作为病毒复制下降的绝对指标。“小三阳”时肝病有可能继续发展，并逐步演变成肝硬化。事实上，无论“大三阳”还是“小三阳”，只要肝功能不正常，就必须治疗。
