消化系统典型表现为腹泻、粘液脓血便、腹痛、里急后重等。然而，每个患者的症状及严重程度并不一致。
大多数患者有腹泻。腹泻程度轻重不一，轻者每日排便3~4次，或腹泻便秘交替出现;重者可每1~2小时一次，甚至出现大便失禁。部分患者可有夜间腹泻和(或)餐后腹泻。直肠严重受累时，可出现里急后重感。粪质多呈糊状，混有大量粘液，常带脓血。直肠炎或直肠乙肝状结肠炎患者可能有大便和便秘。
部分患者便鲜血，其病变限于直肠，称出血性直肠炎，血液或大便分开排出，或附着于正常或燥粪表面，常被误认为是痔出血。直肠炎患者亦常排粘液血便，甚至出现大便失禁。病变若扩展至直肠以上，血液往往与粪便混合或出现血性腹泻。少数患者因出血量较大而排血块。病变严重者，常排出含有血液、脓液和粪质的稀便。大肠粘膜的广泛损伤、血管充血、糜烂和粘膜剥脱是便血的病理基础。粘液便是由于粘膜炎性分泌增加所致，脓血便是病变粘膜坏死组织、炎性分泌物与血液和粪质混合而成。
