生理期一般可以适量喝黑咖啡，但存在胃肠不适或痛经症状时应避免饮用。黑咖啡中的咖啡因可能影响铁吸收并刺激胃肠黏膜，而经期女性因失血和激素变化对这类刺激更敏感。
经期饮用黑咖啡需考虑个体差异。咖啡因的血管收缩作用可能加重部分女性的痛经症状，尤其是有原发性痛经史的人群。咖啡因还会促进前列腺素分泌，可能增强子宫收缩强度。但咖啡因的镇痛作用对某些人群可能缓解头痛等经期不适。黑咖啡不含糖分和乳制品，不会直接导致炎症反应，但空腹饮用可能引发反酸。建议饮用时搭配食物，并控制单日咖啡因摄入不超过200毫克。
存在子宫内膜异位症、缺铁性贫血或胃肠疾病的女性应完全避免经期饮用。咖啡因会抑制非血红素铁吸收，可能加重贫血症状。胃肠敏感者可能出现腹泻或痉挛加重。激素波动期间咖啡因代谢速度减慢，可能延长兴奋作用导致失眠。经期前三天子宫内膜脱落阶段，饮用过热黑咖啡还可能促进盆腔充血。
经期饮食需注重温补和铁元素补充，可选用红枣枸杞茶等替代饮品。若饮用黑咖啡后出现经血颜色变暗、腹痛加剧或心悸等症状，应立即停止并就医检查。日常建议记录咖啡饮用与经期症状的关联性，必要时咨询妇科医生进行个性化指导。
肾结石患者一般不建议多喝咖啡，可能增加结石风险。咖啡中的草酸和咖啡因可能促进结石形成，但少量饮用对部分患者影响较小。
咖啡含有较高浓度的草酸，这种物质可与钙结合形成草酸钙结石，这是最常见的肾结石类型。咖啡因具有利尿作用，可能导致尿液浓缩，增加矿物质结晶的概率。长期过量饮用咖啡还可能干扰钙代谢，进一步加重结石风险。对于既往有草酸钙结石病史的患者，尤其需要控制咖啡摄入量。
部分研究表明适量饮用咖啡可能不会显著增加结石风险，甚至可能通过增加尿量帮助冲刷泌尿系统。但这仅适用于饮水量充足且结石风险较低的人群。临床观察发现，每日饮用超过300毫升咖啡的结石患者复发率较高。特殊体质如高草酸尿症患者即使少量饮用也可能诱发结石发作。
肾结石患者应优先选择白开水作为主要饮品，每日饮水量建议达到2000-3000毫升。若饮用咖啡，建议控制在每日200毫升以内，并避免空腹饮用。同时需要定期进行尿液检查和超声监测，根据结石成分调整饮食方案。出现腰痛、血尿等症状时应及时就医，必要时可采取体外冲击波碎石或输尿管镜取石等治疗。
