苦杏仁需经煮沸或烘烤等高温处理破坏毒性后少量食用较为安全。苦杏仁含有氢氰酸等有毒成分，未经处理直接食用可能导致中毒，建议通过浸泡、煮沸、烘烤等方式充分去毒后作为调味品少量使用。
苦杏仁含有苦杏仁苷，在体内可分解产生氢氰酸。氢氰酸会抑制细胞呼吸，导致组织缺氧。轻度中毒表现为头晕恶心，重度可能出现呼吸困难甚至危及生命。传统中医将炮制后的苦杏仁用于止咳平喘，但须严格控制用量。现代营养学建议每日食用不超过10克处理过的苦杏仁。
特殊人群更需谨慎。孕妇食用可能影响胎儿发育，儿童对毒素更敏感，肝肾功能不全者代谢毒素能力下降。这些人群应避免食用苦杏仁。如不慎食用未处理的苦杏仁并出现口唇麻木等症状，应立即就医。食用前务必确保经过充分高温处理，且不与酸性食物同食以免增加毒性释放。
苦杏仁经处理后可作为药材使用，但须在中医师指导下配伍。日常饮食中可用少量烘烤苦杏仁碎点缀糕点，或与百合、银耳等炖煮甜品。储存时应密封防潮，避免油脂氧化变质。任何情况下都不建议自行采集野生苦杏仁食用，商业销售的苦杏仁制品也需认准正规厂家生产资质。
