生殖细胞瘤松果体手术风险程度与肿瘤位置、大小及患者个体差异有关，多数情况下手术风险可控，但需警惕脑组织损伤、脑脊液漏等并发症。松果体区手术因解剖结构复杂，存在一定技术难度。
松果体区生殖细胞瘤手术通常采用显微外科技术，术中可能涉及周围重要血管和神经结构的保护。肿瘤若与大脑深部静脉系统粘连紧密，分离过程中可能出现难以控制的出血。术后常见短期并发症包括头痛、恶心呕吐等颅压增高症状，多数可通过脱水降颅压治疗缓解。部分患者可能出现暂时性眼球运动障碍或视野缺损，与术中牵拉中脑结构相关。
少数情况下可能发生严重手术风险。肿瘤完全包裹大脑大静脉时，强行切除可能导致静脉窦破裂大出血。术中损伤四叠体区可造成永久性眼球垂直运动麻痹。若肿瘤侵袭丘脑或下丘脑，术后可能出现内分泌功能障碍或意识状态改变。儿童患者因颅腔容积较小，更易出现术后脑积水需分流手术干预。
建议术前完善MRI增强扫描与脑血管评估，选择经验丰富的神经外科团队实施手术。术后需密切监测生命体征、电解质平衡及尿量变化，定期复查肿瘤标志物与影像学检查。恢复期应避免剧烈运动与高空作业，出现持续头痛、发热或意识改变需立即就医。