功能性胃肠病可能自愈，但需结合症状严重程度与自我调节效果判断。轻度患者通过规律饮食、情绪管理等干预可能实现自愈，中重度症状需医疗干预。自我调节方法主要包括饮食调整、压力管理、作息规律、适度运动及益生菌补充。
功能性胃肠病的自愈概率与症状类型和持续时间密切相关。早期出现的轻度腹胀、偶发腹痛等功能性消化不良症状，在消除诱因后可能自行缓解。肠易激综合征患者若以轻度腹泻或便秘为主，通过避免刺激性食物和规律生活，症状可能逐渐减轻。部分患者的功能性胃肠病症状与短期应激事件相关，当压力源消失后，消化道功能可能恢复正常状态。这类情况的自愈过程通常需要1-3个月，期间需持续观察症状变化。
持续性或进行性加重的症状往往难以自愈。存在夜间腹痛、体重下降、便血等报警症状时，提示可能存在器质性病变。长期未缓解的功能性胃肠病可能导致胃肠黏膜敏感性改变，形成恶性循环。合并焦虑抑郁等心理共病的患者，单纯依靠自我调节效果有限。老年患者因胃肠功能退化，自愈概率相对较低。这类情况需通过胃肠动力药、解痉药等药物干预，配合认知行为治疗等综合管理。
建立科学的饮食记录有助于识别个人敏感食物，每日摄入25-30克膳食纤维可改善肠道蠕动。渐进式肌肉放松训练能降低内脏高敏感性，建议每天进行10-15分钟腹式呼吸练习。维持固定的就餐时间和睡眠周期对调节胃肠生物钟至关重要。症状持续超过2周或影响生活质量时，应及时至消化内科就诊评估。功能性胃肠病的长期管理需整合生活方式调整、药物支持和心理干预等多维策略。