早期结直肠癌内镜下切除的禁忌症主要有肿瘤浸润深度超过黏膜下层、存在淋巴结或远处转移、凝血功能障碍、严重心肺疾病无法耐受手术、病变范围过大无法完整切除等。内镜下切除需严格评估肿瘤分期及患者全身状况，不符合适应症者需考虑外科手术或其他治疗方式。
肿瘤浸润深度是决定内镜下切除可行性的关键指标。当肿瘤突破黏膜肌层侵入黏膜下层深层时，淋巴结转移概率显著增加，此时内镜切除难以达到根治效果。术前需通过超声内镜或放大内镜精确定位肿瘤浸润层次，黏膜下层浅层浸润可考虑内镜切除，深层浸润则列为禁忌。内镜下黏膜切除术和黏膜下剥离术对局限于黏膜层的早癌治愈率较高，但若病理检查发现切缘阳性或脉管浸润，仍需追加外科手术。
凝血功能异常会增加术中术后出血风险。血小板计数低于50×10⁹/L或国际标准化比值超过1.5的患者，可能发生难以控制的创面渗血。长期服用抗凝药物者需根据药物半衰期调整用药，必要时术前过渡为低分子肝素。严重肝硬化伴凝血功能障碍患者应慎重评估，必要时输注新鲜冰冻血浆或血小板纠正凝血状态后再行手术。
心肺功能储备不足可能无法耐受长时间内镜操作。严重慢性阻塞性肺疾病患者平卧位血氧饱和度低于90%，或心功能III-IV级患者，术中易出现缺氧或循环衰竭。这类患者需麻醉科会诊评估手术耐受性，必要时选择创伤更小的治疗方案。对于合并急性心肌梗死、不稳定型心绞痛发作3个月内的患者，应暂缓择期内镜治疗。
病变范围过大会影响切除完整性和安全性。当肿瘤占据肠腔周径超过3/4或长度超过3厘米时，内镜操作空间受限，易导致穿孔或切除不全。侧向发育型肿瘤若累及两个及以上结肠皱襞，通常需要分片切除，这会增加局部复发风险。这类病例建议多学科讨论，优先考虑腹腔镜辅助手术确保根治效果。
存在淋巴结或远处转移是内镜治疗的绝对禁忌。术前应通过CT、MRI或PET-CT明确分期，T1期以上肿瘤伴有肠周淋巴结肿大或肝肺转移者，需直接转入综合治疗程序。对于疑似局部淋巴结转移的病例，可考虑内镜超声引导下细针穿刺活检确认，避免不必要的内镜切除。术后病理显示黏膜下层浸润深度超过1000微米或低分化腺癌等高危因素，也需追加淋巴结清扫术。
患者需在术前完善血常规、凝血功能、心电图等基础检查，吸烟者应术前戒烟2周以上。术后24小时内禁食并监测腹痛、便血等症状，1周内避免剧烈运动。饮食应从流质逐步过渡到低渣饮食，2周后复查内镜确认创面愈合情况。定期随访监测复发迹象，建议术后1年内每3个月进行肠镜和肿瘤标志物检查。