畸形精子症怀孕了是否会流产,需要根据畸形精子症的严重程度进行判断。如果畸形精子症比较轻微,一般不会引起流产,但如果畸形精子症比较严重,则可能会引起流产。1、不会流产:如果患者只是轻度的畸形精子症,并没有出现严重的精子质量下降的情况,而且在备孕期间也注意加强护理工作,如避免吸烟、喝酒等不良习惯,以及遵医嘱服用叶酸片等药物预防胎儿神经管发育畸形等,在这种情况下怀孕后一般不会导致流产;2、会流产:如果患者的畸形精子症比较严重,出现了严重的精子质量下降情况,且在备孕期间也没有加强护理工作,经常接触有毒有害物质或者是存在长期熬夜等情况,则有可能会导致胚胎发育异常,从而增加流产的风险。建议男性在备孕前及时到医院男科完善精液检查、染色体检查等项目明确自身情况。如果确诊为畸形精子症,则可以在医生指导下使用维生素E软胶囊、葡萄糖酸锌片等药物进行治疗。